Tio

Just wanna share my experience

Gene Expression analysis, an overview


DNA microarrays are a new and promising biotechnology which allow the monitoring of expression of thousand genes simultaneously.

Image courtesy: http://www.albany.edu/genomics/affymetrix-genechip.html

Microarray  technology as one of recent biomedical technologies produces high dimensional data.  This makes statistical analysis become challenging.

The statistical components of a microarray experiment involve the following steps (Allison et al.  2006):

(1) Design. The development of an experimental plan to maximize the quality and quantity of information obtained.

(2) Pre-processing. Processing of the microarray image and normalization of the data to remove systematic variation. Other potential preprocessing steps include transformation of data, data filtering and background subtraction.

(3) Inference and/or classification. Inference entails testing statistical hypotheses which are usually about which genes are differentially expressed. Classification refers to analytical approaches that attempt to divide data into classes with no prior information (unsupervised classification) or into predefined classes (supervised classification).

(4) Validation of findings. The process of confirming the veracity of the inferences and conclusions drawn in the study.

I presented an overview of microarray analysis specifically in the use of gene expression profiling in a discussion.

The more detail of my presentation can be downloaded from here: Gene Expression Introduction or be seen here.

March 21, 2012 Posted by | Bioinformatics, education, Statistics | | 1 Comment

Non stressful exam?


Kemarin saya hadir dalam “parents meeting” di sekolah kedua anak kami (Kelas 1 dan 2 SD) di sebuah sekolah umum berbahasa inggris di Stockholm. Para guru memberikan informasi  secara singkat materi apa saja yang telah diberikan selama musim dingin lalu dan apa yang akan diberikan di waktu musim semi. Selain itu juga dibahas mengenai hal-hal  penting yang menurut hasil survey dari siswa sendiri  perlu dibahas antara guru dan orang tua. Ada satu hal yang ingin saya bagi kali ini adalah mengenai Ujian nasional.  Ujian nasional dimulai pada kelas 3 dan kelas 6 saja. Untuk kelas 3 materi ujian hanya matematika dan bahasa swedia bagi siswa dalam kelas berbahasa swedia, untuk anak kami, karena di kelas berbahasa inggris  bahasa swedia tidak diujikan. Kemudian untuk kelas 6 materi ujian nasional ditambah dengan science.
Ada hal yang sangat menarik dari penjelasan para guru adalah ujian bukan berarti stressful. Mereka berusaha membuat bahwa ujian itu hanya lah hal yang biasa dan menguji apa yang siswa tahu, bukan menguji apa yang mereka tidak tahu (Hal ini pernah dibahas juga oleg Prof Rhenald Kasali). Juga bagi orang tua jangan merasa terbebani akan ujian.
Jika anak sakit atau tdk siap maka ujian bagi anak tersebut bisa di jadwal tersendiri, karena tidak ada point nya menguji anak dimana anak tersebut sakit.  Kemudian untuk persiapan ujian, mereka menekankan bagaimana mengatur waktu dalam ujian, cara membaca soal dsb. Tempat dudukpun tidak dirubah hanya di beri jarak lebih lebar sedikit.
Ujian diusahakan diberikan pada jam ke 2 karena mungkin pada jam pertama, si anak masih dalam kondisi yang belum siap karena bbrp hal seperti  traffic atau keletihan dalam perjalanan menuju sekolah.
Jika si anak kurang waktu dalam mengerjakan akan diberi waktu tambahan, dan jika dia tidak mengerti maksud dari soal , maka guru akan berusaha menjelaskan.
Ada beberapa poin dari hal diatas:
1. Materi ujian hanya 1, matematika. Apakah untuk menentukan kelulusan? Ternyata tidak, ini hanya untk statitik nasional untuk melihat progress dari pendidikan secara general.
2. Rileks dalam ujian. Ujian bukan hal yang membuat kita jadi stress dan kurang tidur.
3. Peran guru dalam semua hal sangat penting baik dalam menciptakan ujian yang bisa ”dinikmati” oleh siswanya.
Mari kita semua bandingkan dengan sistem di negara kita tercinta Indonesia.
Masih ada beberapa hal yang menarik dalam rapat tersebut. Akan saya rangkum dalam post berikutnya.

March 15, 2012 Posted by | education | | 2 Comments