Tio

Just wanna share my experience

Developing R Graphical User Interfaces


Rimage is a free, open-source implementation of the S statistical computing language and programming environment. Nowadays, R is widely used for statistical software development, data analysis, and machine learning. Since R is free and open source, now there are mor than 2000 user-contributed packages available. This means that anyone can fix bugs and/or add features. R can be integrated with other languages (C/C++, Java, andvPython). R can also interact with many data sources: ODBC-compliant databases (Excel and Access) and other statistical packages (SAS, Stata, SPSS, and Minitab). For the High Performance Computing Task, several R packages provide the advantage of multiple cores, either on a single machine or across a network.

Despite the aforementioned capabilities, R is a command line interface (CLI) where users type commands to perform a statistical analysis. The CLI is the preferred user interface for power users because it allows the direct control on calculations and it is flexible. However, this command-driven system requires good knowledge of the language and makes it difficult for beginners or less frequent users. To incorporate this limitation, several R projects were develop to produce user interfaces.

My talk presented in R Workshop Hasselt University Belgium and a seminar in Medical Epidemiology and Biostatistics department  of Karolinska Institutet will provide a review of some R GUI projects and illustrate how to develop a simple R GUI using tcltk and some future development using R service bus and shiny. More detail of R GUI and some example of RGUIs can be found in my PhD thesis.

Some example of RGUIs:

1. IsogeneGUI: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/IsoGeneGUI.html
2. BiclustGUI: http://www.ibiostat.be/software/BiclustGUI/index.html
3. neaGUI (https://r-forge.r-project.org/projects/neagui/)
4. R Interface for Central Limit Theorem Illustration
5. RGUI Menu
6. A simple dialog box

main          histslider

Advertisements

March 28, 2013 Posted by | Bioinformatics, R, Statistics | , , , , , , , | Leave a comment

RGUI Example: An Input Dialog Box


This is an example of a dialog box for input using RGUI tcltk:

inputGUI

The output would be a message box:

msgGUI

The code is available here: InputGui

March 11, 2013 Posted by | R | , | 1 Comment

Menu in RGUI


menuGUIExample of developing top menu for an R GUI. The code is available here MenuGui.

 

March 11, 2013 Posted by | R | , | 1 Comment

Back for good or stay?


Setiap mahasiswa Indonesia yang sedang belajar di luar negeri pasti ingin berkontribusi dalam pembangunan di tanah air tercinta. Namun ada berbagai tantangan serta pertimbangan yang kadang membuat mereka gamang untuk kembali. Diskusi bulanan yang diadakan oleh PPI Stockholm beberapa waktu lalu berusaha membahas berbagai tantangan  tersebut.

Dari diskusi tersebut banyak tantangan mencuat, seperti ilmu yang kita dapatkan selama studi belum dapat sepenuhnya diimplementasikan di negeri kita. Tantangan lain adalah penempatan kita yang kurang sesuai dengan keahlian. Ada beberapa kisah dimana ilmu dan pos dimana kita ditempatkan jauh panggang dari api.

Bagi yang sudah berkeluarga, setelah merasakan pendidikan yang bagus dan gratis di negeri orang, tentu berharap hal yang sama di negeri kita. Belum adanya perhatian yang besar dari pemerintah terhadap riset membuat beberapa ilmuan berfikir ulang untuk kembali ke Indonesia. Suasana kerja yang sangat berbeda juga menjadi kendala lain. Bahkan ada situasi dimana kembalinya kita malah dianggap sebagai saingan oleh rekan-rekan di tanah air.  Masih banyak lagi tantangan yang ada yang semuanya menjadi “culture shock” bagi mereka yang ingin “pulang kampung”.

Lalu apa yang harus dilakukan? Pulang tanpa persiapan, alias terjun bebas? Atau tetap tinggal dan berkarir di negeri orang? Diskusi mengerucut kepada beberapa pilihan berikut.

Bagi yang memiliki tanggung jawab di tanah air dan harus langsung kembali setelah selesai kuliah,  maka selain meningkatan keilmuan serta wawasan selama studi kita juga harus tetap menjalin jaringan “network”  kepada rekan kuliah, para dosen terutama di tempat kita studi, PPI, serta organisasi profesi. Tetap berkomunikasi agar kedepannya akan memungkinkan untuk bisa saling bertukar informasi, ilmu, teknologi, dan bahkan berkolaborasi.

Namun jika kita masih dapat tinggal sedikit lebih lama janganlah pulang dahulu. Bekerjalah dahulu  atau melanjutkan studi lebih lanjut untuk mendapatkan ilmu yang mumpuni, pengalaman bekerja, dan jaringan internasional yang dapat dijadikan modal saat kembali ke tanah air.

Jika memang terpaksa menetap di luar negeri, karena merasa ilmu lebih optimal di sana, tetaplah berkontribusi baik secara langsung maupun tidak langsung kepada Indonesia dari luar. Banyak cara yang dilakukan para diaspora sebagai wujud cintanya terhadap Indonesia: memberi donasi/funding, memberi beasiswa kepada siswa asal Indonesia, berkolaborasi dengan para ilmuan di tanah air dan masih banyak lagi.

Diskusi hangat di Stockholm yang dingin ini memberi gambaran baik kepada mahasiswa baru maupun lama akan perlunya bekal selain ilmu yang didapat di bangku kuliah. Slide presentasi dari diskusi tersebut dapat dilihat disini.

January 16, 2013 Posted by | education, Study abroad | , , | 5 Comments

2012 in review


The WordPress.com stats helper monkeys prepared a 2012 annual report for this blog.

Here’s an excerpt:

About 55,000 tourists visit Liechtenstein every year. This blog was viewed about 200,000 times in 2012. If it were Liechtenstein, it would take about 4 years for that many people to see it. Your blog had more visits than a small country in Europe!

Click here to see the complete report.

December 30, 2012 Posted by | Uncategorized | 2 Comments

Berkaca dari Struktur DNA Kita


Image

Setiap mahluk hidup tersusun dari kumpulan sel-sel yang beraktivitas sesuai tugasnya. Tubuh manusia, misalnya, tersusun atas lebih dari 10 trilyun sel yang  pada awalnya adalah berasal dari hasil pembelahan sebuah sel saja. Di dalam setiap sel terdapat inti sel (nucleus) yang dimana beberapa kromosom (23 pasang) terletak. Kromosom sendiri adalah kumpulan protein dan deoxyribonucleic acid (DNA).

DNA membawa semua informasi genetik mengenai tubuh kita yang nantinya akan diwariskan kepada generasi berikutnya.  Jika kita bayangkan DNA sebagai sebuah buku, yang berisi berbagai informasi yang tertulis dari 23 bab (kromosomes) dimana di setiap kromosom terdapat ribuan informasi cerita (genes). Berbeda dengan kita yang menuliskan informasi dengan 26 huruf alphabet, di dalam buku DNA ini setiap kata dituliskan hanya dengan menggunakan 4 huruf  yakni A, C, T, dan G.

lebih lanjut silahkan lanjutkan di link berikut: http://www.eramuslim.com/oase-iman/berkaca-dari-struktur-dna-kita.htm

Presentasi mengenai hal ini bisa dilihat disini  http://www.slideshare.net/hafidztio/gene-sebuah-nikmat-allah

 

December 7, 2012 Posted by | Bioinformatics, religion | , , , | Leave a comment

Interface for illustrating the central limit theorem


Below is an example of an R interface developed using tcl/tk package for showing central limit theorem.

 

 

The code can be obtained here.

 

November 8, 2012 Posted by | education, R, Statistics | , | 1 Comment

Classification using L1-Penalized Logistic Regression


There are various classification algorithms that have been developed in different fields. Some algorithms are commonly used in genomics such as linear discriminant analysis (LDA), nearest neighbor classifier and logistic regression. Many authors such as Gohlmann and Talloen (2009), and Lee (2005) have comprehensively reviewed and compared of these algorithms.
Logistic regression is a supervised method for binary or multi-class classification (Hosmer and Lemeshow 1989). Because it is a simple, flexible and straightforward model that is easy to extend, the extensions of logistic regression
have been widely used in genomics research (e.g., Liao and Chin, 2007, and Sun and Wang, 2012).
In high-dimensional datasets such as in microarray settings where usually there are more variables than the observations and variables are correlated (multicolinierity), the classical logistic regression would perform badly and provide inaccurate estimates. It would give a perfect fit to the data with no bias and high variance which can lead to bad prediction (overfitting). In order to prevent this problem, a penalty for complexity in the model should be introduced.

The presentation which can be viewed here shows a short overview of L1 penalization logistics regression.  Example of the application of this method in genomic is to define  candidate classifiers genes to classify two different groups, e.g., cancer and non-cancer group.

References 

• Lee JW, et al, 2005. An extensive comparison of recent classification tools applied to microarray data. Computational Statistics & Data Analysis. 48:869-885.
• Hosmer, D.W., Lemeshow, S., 1989. Applied Logistic Regression. Wiley Series in Probability and Mathematical Statistics. Wiley, New York, NY.
• Sun, H. andWang, S. 2012. Penalized logistic regression for high-dimensional DNA methylation data with case-control studies Bioinformatics. 28(10):1368-1375
• Tibshirani, R. 1996. Regression shrinkage and selection via the Lasso. Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological). 58:267- 288.
• Goeman, J.J. 2010. L1 Penalized Estimation in the Cox Proportional Hazards Model. Biometrical Journal. 52 (1): 70-84.
• Gohlmann, H., and, Talloen, W. 2009. Gene Expression Studies Using Affymetrix Microarrays. Chapman & Hall/CRC.
• Liao, J.G. , and Chin, K.V. 2007. Logistic regression for disease classification using microarray data: model

October 7, 2012 Posted by | Bioinformatics, education, Statistics | , , , , , , | 6 Comments

Carilah Ilmu Sampai ke Negeri Tintin


REPUBLIKA.CO.ID,Semua orang pasti kenal dengan sosok wartawan berjambul, Tintin yang selalu ditemani anjing setianya, Snowy dan karibnya Kapten Haddock. Namun tidak semua orang tahu bahwa karakter tersebut berasal dari sebuah negara di tengah benua Eropa yang paling banyak menghasilkan komik per kapitanya.
Negara tersebut adalah Belgia dengan ibu kotanya Brussel yang juga merupakan ibu kota dari Uni Eropa. Belgia mungkin kurang dikenal sebagai tujuan belajar (dan juga tujuan wisata) bagi kita di Indonesia dibandingkan  dengan negara sekitarnya seperti Belanda, Jerman,  Prancis ataupun Inggris.
Namun ini  bukan berarti pendidikan di  Belgia, tertinggal dibandingkan negara-negara lainnya. Berdasarkan data terbaru yang di publikasikan oleh “U21 Ranking of National Higher Education Systems”, pendidikan tinggi Belgia bertengger di posisi 13 diatas Jerman, Prancis dan Jepang (http://www.universitas21.com/news/details/61/u21-rankings-of-national-higher-education-systems-2012)

Meski dari ranking tersebut, Belgia sedikit berada di bawah Belanda dan Inggris, namun ada hal lain yang membuat  kuliah di Belgia cukup menarik mahasiswa dari seluruh dunia: biaya pendidikan yang cukup murah.

More detail:

http://www.republika.co.id/berita/komunitas/perhimpunan-pelajar-indonesia/12/07/23/m7m6j0-carilah-ilmu-sampai-ke-negeri-tintin

July 24, 2012 Posted by | education, Scholarship, Study abroad | , , , , , | 2 Comments

Tantangan membawa keluarga selama kuliah di Eropa


Tulisan ini sebenarnya sudah saya rencanakan untuk saya buat berbulan-bulan lalu sebagai respon dari banyak pertanyaan di milis beasiswa mengenai proses dan kendala dalam membawa keluarga untuk menemani kita kuliah.

Membawa keluarga di negeri orang dimana semua serba baru dan mungkin tiada sanak saudara harus dipersiapkan dan perlu perencanaan. Saya sendiri termasuk yang pernah “kurang” perencanaan dan sangat “bernafsu” untuk membawa keluarga secepatnya. Sehingga ada beberapa perkiraan yang meleset.  Dari pengalaman tersebut, berikut hal hal yang perlu diperhatikan dan dipersiapkan untuk mengukur visibilitas membawa keluarga untuk menemani kita selama studi di luanr negeri terutama eropa:

1.    Teliti seluk beluk beasiswa, kehidupan, serta biaya hidup.

Membawa keluarga tidak terlepas dari factor biaya yang tentu merupakan hal yang krusial. Jika kita memiliki support dari dalam negeri tidak merupakan masalah. Namun jika kita tergantung pada beasiswa, ada banyak hal yang harus diperhatikan.

Yang pertama yakni jumlah beasiswa. Apakah beasiswa meliputi biaya keluarga (tunjangan), ongkos pesawat dll. Untuk beasiswa master yang di eropa sepengetahuan saya jarang yang mendapatkan tunjangan keluarga. Untuk program PhD dgn funding dari kampus (project based), karena dihitung bekerja, di beberapa Negara istri ataupun anak dapat mendapatkan tunjangan yang cukup.

Yang kedua, teliti dan pelajari biaya hidup (contoh:klik) untuk keluarga dan bandingkan dengan jumlah beasiswa yang akan diterima. Kadang kita serta merta hanya men “convert” beasiswa dan langsung dibandingkan degan pengeluaran di Indonesia. Menurut saya ini hal yng sangat penting, jangan sampai salah perkiraan. Beberapa komponen yg harus ditanyakan:

a. Akomodasi, tergantung dgn lokasi/kota/Negara.

b. Makanan

c. Asuransi, di beberapa Negara asuransi cukup mahal dan dihitung per anggota keluarga/anak2 dihitung (spt di Belanda). Di Belgia, untuk mahasiswa asuransi cukup murah dan dihitung per keluarga (jika istri tdk bekerja).

d. Transportasi. Ini cukup mahal di beberapa Negara, meski di bbrp Negara spt jerman, swedia dan belgia ada tiket reduction bagi student.

2.    Part time job? Is it possible?

Untuk mendapatkan tambahan salah satunya dengan mencari part time job.  Carilah info apakah memungkinkan untuk melakukan hal ini. Yang saya maksud “memungkinkan” disini adalah memungkinkan (a) “in term of time” , karena kesibukan kuliah sering kita tidak punya waktu untuk part time job. (b) “Job availability”di beberapa tempat mendapatkan side job cukup sulit. Waktu “summer” mungkin waktu dimana banyak kemungkinan untuk mendapatkan pekerjaan, seperti terlihat disini. Selain side job diluar kampus, kita bisa juga mungkin mendapatkan tambahan dengan menjadi teaching assistant.

Cari informasi juga apakah untuk pasangan juga memungkin bisa mencari pekerjaan. Di Belgia, pasangan (spouse) dari student tidak dapat mendapatkan “working permit”. Kecuali spouse nya student juga. Namun kadang bisa juga bekerja secara “illegal”.

3.    Can we save? Or spend our saving…..?

Tentu selama studi yang kita inginkan adalah penyerapan ilmu.  Tapi kadang juga ada keinginan untuk bisa menyisakan sesuatu untuk pulang ke tanah air. Namun kadang dengan membawa keluarga, dengan segala biaya yang ada, hal tersebut mungkin tidak bisa didapatkan. Sering untuk mencukupi biaya hidup sehari-hari beasiswa sering tidak cukup atau pas pas an. Pengalaman saya di tahun2 pertama saya menghabiskan tabungan di tanah air dan bahkan sempat berhutang di kampus disini (di Belgia) untuk hidup. Hal ini juga setahu saya beberapa rekan2 pernah merasakan dimana saving mereka di Indonesia dijadikan modal untuk studi disini meski sudah mendapatkan beasiswa. Terutama di Negara/kota dimana mendapatkan part time job tidak mudah, kita biasanya sangat bergantung kepada beasiswa saja. Ada banyak cara untuk mensiasati mahal nya hidup di LN dgn income/allowance yg terbatas seperti yang dibahas di buku: Kiat Sukses Menaklukkan Mahalnya Kehidupan dan Mengapa Bertahan Di Negeri Orang?

4.    Persiapan Dokument.

Menyiapkan document merupakan step berikutnya yang kadang cukup rumit dan cukup lama mengingat birokrasi di tanah air yang cukup merepotkan. Passport, Marriage certificate, Birth certificate, SKKB (kelakukan baik), Surat invitation (jika diperlukan). Dan semuanya kadang harus diterjemahkan oleh penterjemah tersumpah.

Jika semua document tsb telah siap, maka biasanya prosedur untuk pengajian visa akan mudah meski juga cukup lama, sekitar 3 minggu sampai 2 bulan.

5.    Apakah ada nilai tambahnya?

Membawa keluarga, meski memerlukan biaya, tentunya banyak keuntungannya. Berikut saya gambarkan beberapa keuntungan dari keuntungan2 lainnya yang sangat banyak. Yang pertama, adalah bertambahnya wawasan (budaya baru, dsb) serta network baik bagi kita sendiri maupun bagi pasangan kita. Kita sekeluarga bisa mengunjungi tempat2 eksotis di eropa, meski hal ini tidak mudah mengingat cost nya.

Selain itu untuk  bisa menemani pasangan kuliah di LN, merupakan kesempatan yang bagus untuk dapat juga melanjutkan studi/kuliah lagi. Terlebih lagi di beberapa negara eropa, biaya kuliah terjangkau. Jika kita memiliki anak dan dapat ikut kita “stay” beberapa lama di LN, anak2 kita bisa merasakan system pendidikan yang berbeda dengan tanpa biaya alias gratis. Sang anak bisa langsung merasakan  berinteraksi dengan rekan yang “asing” sehingga dikemudian hari mereka tidak akan canggung untuk berinteraksi dengan orang dari bangsa lain, dan masih banyak keuntungan lainnya.

6. Menjalankan tiga peranan besar: mahasiswa, sekaligus suami/istri dan bapak/ibu.

Berhasil “mendatangkan” keluarga, adalah sebuah “great achievement” yang merupakan permulaan dari tantangan berikutnya yang sangat berat. Yang tak jarang beberapa orang tidak bisa menghadapinya dengan baik. Hal ini salah satunya karena budaya dan situasi yang berbeda dengan di Indonesia.

Setiap calon mahasiswa yang berniat membawa keluarga selama studi harus bersiap untuk menjadi tiga peran besar yang harus diemban. Ketiga peran tersebut harus diatur/manage baik  dari segi waktu dan juga proporsinya.

Yang pertama tentu adalah menjadi mahasiswa, dimana tugas-tugas bertumpuk, pressure dari dosen, ataupun saat menjelang ujian pasti merupakan bagian dari hidup mahasiswa. Bagi mahasiswa yang “single” waktu belajar  mungkin bukan hal yang “privilege”.  Bagi yang membawa keluarga terutama dengan anak, kita harus pintar2 mencari waktu untuk belajar dan melakukan tugas2 kampus.

Peran kedua adalah sebagai  seorang suami/istri. Tentu yang diharapkan dari pasangan kita adalah meski kita sibuk dengan tugas kuliah, kita tidak melupakan peranan ini. Mengingat di eropa, semua kegiatan rumah tangga harus dilakukan (kadang dengan terpaksa J) semuanya sendiri. Tanpa ada bantuan dari nanny/pembantu. Memasak, membersihkan rumah, berbelanja, mencuci baju dsb  harus bisa kita lakukan dan kita bagi pekerjaan tsb dengan pasangan kita. Bagi yang terbiasa “santai” di Indonesia karena ada pembantu, hal ini merupakan sebuah lompatan yang cukup besar.

Yang ketiga, jika kita memiliki anak, adalah peranan sebagai seorang bapak. Tentu anak kita “terpaksa” harus mengerti kesibukan kita sebagai mahasiswa, namun bukan berarti kita harus meninggalkan waktu untuk becengkrama dengan mereka. Pembagian waktu bermain dengan mereka kadang mengharuskan kita menjadi “kelelawar”, bangun di waktu malam. Setelah waktu kerja/kuliah disiang hari setibanya di rumah kita bisa bermain dengan anak2, meski tugas menunggu. Kita baru bisa “bergerak” saat mereka sudah tidur hingga mereka bangun. Tugas2 mengantar anak kesekolah dan kegiatan extra kulikuler, belajar dan bermain dengan mereka adalah sebuah kegiatan yang menyenangkan meski kadang stress akan kuliah menghinggapi pikiran kita.

Itulah beberapa hal yang harus dipersiapkan dan diketahui bagi rekan2 mahasiswa yang sangat berniat membawa keluarganya. Sebuah tantangan yang sangat worthy untuk di taklukkan. Kadang kita ajak keluarga adalah untuk “ditinggalkan” oleh karena kesibukan kita, contoh klik disini.

Man Jadda Wajada, Man Shabara Zafira

Tio

May 11, 2012 Posted by | education, Scholarship | , , | 14 Comments