Summary of My PhD Thesis

Statistical Methods for Microarray Experiments: Analysis Dose-response Studies and Software Development R.

Drug development is defined as the entire process of bringing a new drug or device to the market, and is designed to ensure that only those pharmaceutical products that are both safe and effective are brought to market. The aim of this long process of drug development is to find good drugs which have strong effects on the intended disease and on the other hand have minimal side effects (Marton et al., 1998).

Finding safe and efficacious dose or dose range and establishing a dose-response relationship are two of the most important objectives in drug-discovery studies in the pharmaceutical industry. Bretz (2006) defined two major goals when performing a dose-response study. The first goal is to demonstrate a relationship between the dose and response. Here, an overall dose related trend is assessed by ensuring that with increasing dose, the effect to increase (or decrease) as well. This can be achieved by testing the global dose-response relationship under a monotonicity which assumes that as the dose increases, so does the effect or conversely as dose decreases, so does its impact. This assumption is founded on the fact that in

general, increasing the dose of a harmful agent will result in a proportional increase in both the incidence of an adverse effect as well as the severity of the effect (Ting, 2006). Once the first goal is established, the second goal is to estimate a target dose of interest such as the dose of an experimental compound required to achieve 50% of the maximum effect (ED50), or the Minimum Effective Dose (MED).

In recent years, as the emerging of biomedical technologies, dose-response studies have been integrated with microarray studies which in this case the response is the gene expression measured at a certain dose level. The aim is usually to identify a subset of genes with overall dose related trend. The dose-response microarray experiments are usually performed in order to (1) get insight in the biological target and the mechanism of the new medicine used to treat the target disease , (2) generate data on the pathways involved in potential unwanted side effects, (3)  search for biomarkers that could be used as signatures for response, and (4) identify biomarkers that eventually could be used in phase-II or phase-III clinical trials as biomarkers endpoints to replace the classical

In this dissertation, we mainly focus on (1) estimating target doses of interest by using parametric modeling and model averaging methods, (2) implementing resampling-based inference, including permutation and SAM, to the multiple contrast test of the Williams (Williams, 1971 and 1972), Marcus (Marcus, 1976), the M statistic (Hu et al., 2005) and the modified M statistic (Lin et al., 2007), (3) analyzing dose-response microarray studies using Hierarchical Bayesian model, and (4) developing two new user friendly software for performing dose-response microarray studies and biclustering analysis.

 

Part 1.  Modeling Dose-response Microarrays Studies: A Model-based Approach

The first part of this dissertation will focus on parametric modeling and estimating a target dose of interest the ED50 in dose-response microarray. To reach this aim a three steps approach is proposed. The first step is to select gene with a monotonic trend. To perform this step, one of testing procedures for a monotonic trend used in dose-response studies of microarray experiments discussed by Lin et al. (2007) is implemented. These testing procedures take into account the order restriction of the means with respect to the increasing doses. After the genes with a monotonic trend are identified, then a model-based approach is carried out to estimate the ED50. However the validity of the model-based approach depends on the choice of the dose-response model. In order to incorporate for model uncertainty, several models are fitted and then in the third step the model averaging methods are carried out to estimate the model-averaged ED50.

In dose-response studies, the target dose is not only the ED50. Usually it is of interest to find the smallest dose with a discernible useful effect or a maximum dose beyond which no further beneficial effects is seen (ICH-E4, 1994). It is common in dose-response studies to use the mean efficacy of the control dose (usually zero dose) as a benchmark for comparison purposes to decide if a particular dose is clinically effective (Tamhane andLogan, 2006). The target dose for this purpose is known as the Minimum Effective Dose (MED). In this part, we also discuss the estimation of the MED in the dose-response microarray studies. The definition and estimation of the MED for a single model, i.e., the Emax model will be given. Then after several candidate models are fitted, the model averaging techniques are implemented to obtain the model averaged MED.

Part 2. Multiple Contrast Test (MCT) for Detecting Monotonic Trends

In part II, we investigate the application of resampling-based multiple contrast test procedure to detect for a monotonic trend. Bretz (1999, 2006) implemented the multiple contrast test (MCT) procedure to extend the Williams’ and Marcus’ tests for testing monotonicity of dose-response relationship which can improve the power. The idea is that the order restricted alternative hypotheses can be decomposed into several elementary alternatives with particular patterns of equalities and inequalities. These contrasts then are tested and then the contrast test which has the maximum value is used. Bretz (2006) showed that relying on the normality assumption, the Williams’ MCT and Marcus’ MCT follow the multivariate t distribution. Since in practice it might not be valid to assume a particular distribution of a statistic, especially in case of small sample sizes commonly found in microarray data (McLachlan et al., 2004), we propose to approximate the null distribution of Williams’ MCT and Marcus’ MCT (Bretz, 2006) using a permutation-based approach. In addition, we propose to apply the MCT to the M (Hu et al., 2005) and the modified M (M′, Lin et al., 2007) test statistics.

A common problem in microarray experiments is that some of the genes have small variance which can make their (absolute) test statistic very large although their fold change are small (McLachlan et al., 2004). In order to overcome the problem of small variance genes, we implement the Significance Analysis of Microarray (SAM) procedure proposed by Tusher et al. (2001) for the MCT. We also performed simulation studies aimed to investigate the performance of the proposed resampling-based MCTs in terms of the FDR control and power.

Part 3. Hierarchical Bayesian Dose-response Analysis

The third part, we propose a hierarchical Bayesian  modeling approach to identify genes with a monotonic trend. The Bayesian approach seeks evidence in the data under both the null and order-restricted alternative hypotheses. The Bayesian Variable Selection (BVS) is implemented to estimate the posterior probability of all the possible monotone models. Then the posterior probability of the null model is used to identify the genes with strong evidence of a monotonic trend. Several simulations to investigate the performance of this approach are carried out and will be discussed. From the obtained posterior probabilities, we can construct posterior level of probabilities from the Bayesian perspective.

Part 3. Software Development

In the last part of this dissertation, we discuss the issue of software developments for dose response

microarray studies and biclustering analysis. The developed software are R packages intended to provide easy to use packages with more user friendly interfaces. The software are developed using GUI provided within R.

The first software is for analyzing dose-response microarray experiment. Lin et al. (2008) developed an R package IsoGene for testing for a monotonic relationship between gene expressions and doses in a microarray experiment (Pramana et al., 2010). The IsoGene package is a command-based package and requires users to have basic knowledge of R. This can be difficult for those who are not familiar with R or unfrequent R users to use the package. To disentangle this limitation, a user friendly package called IsoGeneGUI was developed (Pramana et al., 2010b, 2011a). We  presents the capabilities of the IsoGeneGUI package/software along with illustrative examples of analysis of a dose-response microarray study.

The second software is to perform biclustering analysis. Biclustering is a technique to cluster rows and columns of a matrix simultaneously. The goal to find subgroups of rows and columns (called biclusters) which are as similar as possible to each other and as different as possible to the rest (Kaiser and Leisch, 2008). Note that in the microarray studies, rows and columns are genes and samples, respectively. Therefore bicluster methods in gene expression are aimed to discover a group of genes that have similar regulatory mechanism within a group of samples (Madeiraand Oliveira, 2004).

We developed a new R package, the RcmdrPlugin.BiclustGUI package (shortened as the BiclustGUI) which is an interface for several biclustering packages that are available biclust (Kaiser and Leisch, 2008), fabia (Hochreiter et al., 2010), and isa2 package (Cs´ardiet al., 2010). The BiclustGUI is an extension for R Commander package (Rcmdr Plug-in, Fox, 2005) and intended to beginners or unfrequent R users to perform biclustering analysis.

Lecture in Statistics department Brawijaya University

My lecture titled Biostatistics and Statistical Bioinformatics given at Brawijaya University can be downloaded from:

http://www.4shared.com/document/yULUS-rE/presentasi_UB.html

Science@Leuven Scholarship!

The Faculty of Science of the K.U.Leuven and its Alumni Association Science@Leuven are proud to announce The Science@Leuven Scholarship! Motivated and talented international students, interested in participating in an international master programme of the Faculty of Science of the K.U.Leuven are invited to apply for a scholarship. Which masters give the right to apply for the Scholarship? : Master of Astronomy and Astrophysics, Master of Biology, Master of Molecular and Cellular Biophysics, Master of Chemistry, Master of Physics, Master of Geology, Master of Geography, Master of Mathematics and the Master of Statistics.

Amount of Scholarship The amount of the scholarship can be up to 8.000 Euro for 1 year. The Board of the Science@Leuven Fund will decide exactly how much a scholarship will be. The scholarship will always cover the tuition fee for 1 year, the insurance and a basic health insurance coverage.

The amount awarded for living expenses can vary. Most master programmes of the Faculty of Science are 2-year programmes. A scholarship for the second master year will be only be continued for students having had outstanding results the first master year.

Admission requirements

the applicants have not studied or worked at the University of Leuven before,

the applicants have a bachelor degree from a foreign university that gives them access to the master programme they are applying for,

the applicants can prove having had excellent study results during their former training,

the applicants can prove a very strong knowledge of English,

the applicants show strong motivation to follow a master programme at the Faculty of Science of the K.U.Leuven

the applicants are willing to act as an ambassador for the programme.

PLEASE DO NOT APPLY IF YOU DO NOT MEET ALL THE REQUIREMENTS Applications for the academic year 2011-2012 will open the 1st of December. Selection Procedure (for 2011-2012) The applicants fill out the application form of the International Office to apply for admission to the K.U.Leuven.

The applicants note in the application form that they want to apply for the Science@Leuven Scholarship. Next to the information required by the International Office, the applicants also upload the following information: results of their former studies, a letter of motivation and two references of professors. The selection of the students takes place in June 2011.

Deadline for application 1st of May 2011

more info: http://wet.kuleuven.be/english/scienceatleuvenscholarship

Rangkuman Percakapan antara Syaikh Shafiq Balk dan Hatim Ism (2/2)

Pelajaran 4: Takwa adalah sebenarnya kemuliaan.

SHI: Ya guruku, keempat: aku memperhatikan banyak orang-orang di dunia yang melihat bahwa beberapa dari mereka berpikir bahwa keagungan dan kehormatan milik bangsa atau suku (kelompok) yang besar dan kuat, karena itulah mereka membanggaan suku bangsa atau kelompok masing-masing. Beberapa dari mereka berpikir bahwa keagungan serta kemuliaan diperoleh melalui kelimpahan kekayaan, harta, keluarga dan kerabat karena itulah sebagian orang mengekspresikan kebanggaan mereka dalam kekayaan mereka dan anak-anak mereka.

Dalam QS : Alhujaraat (49): 13 Allah berfirman:

“Wahai manusia, sesungguhnya Kami telah menciptakan kamu dari seorang laki2 dan perempuan, kemudian Kami jadikan kamu berbangsa-bangsa dan bersuku-suku agar kamu saling mengenal. Sesungguhnya yang paling mulia disisi Allah adalah orang yang paling bertakwa. Sungguh Allah Maha Mengetahui dan Maha teliti.”

Dari ayat tersebut dapat disimpulkan bahwa semua pikiran tentang kemuliaan dan kebanggan tsb adalah salah. Karena itu saya berusaha manjadi orang yang bertaqwa sehingga saya bisa dihitung sebagai seorang dengan peringkat tertinggi di sisi Allah Ta’ala. “

Pelajaran 5: Pembagian harta/rezeki.

SSB; “Hai Hatim! Semoga Allah senang dengan kamu. Kamu telah mengatakan hal yang sangat baik. Sekarang menceritakan pelajaran kelima!!!

SHI: Wahai guruku, Kelima aku melihat banyak orang-orang yang mengeluh tentang satu sama lain. Hal ini iri hati, kecemburuan, dan permusuhan dan penyebab utamanya yaitu keinginan dan persaingan untuk kebesaran, keagungan, harta, kekayaan, dan pengetahuan. Aku merenungkan tentang ayat berikut dari Al-Quran: QS (Az zukhruf) 43:32:

“Apakah mereka yang membagi-bagikan rahmat Tuhanmu? Kamilah yang menentukan penghidupan mereka di dunia dan Kami telah meninggikan sebagian dari mereka atas sebagian yang lain beberapa derajat agar sebagian dari mereka dapat memanfaatkan sebagian yang lain. Dan rahmat Tuhanmu lebih baik dari apa yang mereka kumpulkan”

Dari ayat terebut aku  berpikir bahwa Allah telah menetapkan bagi kita harta benda dan peringkat sejak awal pertama penciptaan. Tiada seorangpun yang memiliki kontrol  dalam hal ini. Oleh karena itu, aku tidak akan bersaing atau memiliki kecemburuan dengan siapapun dalam masalah harta .

Pelajaran 6: Syetan musuh kita.

SSB:  “Hai Hatim! Kamu mengatakan kebenaran dan kau melakukan hal yang benar. Sekarang menceritakan pelajaran yang keenam!!. “”

SHI:  Wahai guruku! Pelajaran keenam adalah bahwa ketika aku memperhatikan  orang, aku melihat bahwa setiap orang memiliki permusuhan dengan orang lain untuk beberapa alasan. Lalu aku perhatikan ayat berikut ini:

QS (Faatir) 35:6:

“Sungguh setan itu musih bagimu maka perlakukan dia sebagai musuh, karena sesungguhnya setan itu hany mengajak golongan2nya agar mereka menjadi penghuni neraka yang menyala-nyala”.

Karenanya, aku seharusnya tidak ada permusuhan dengan orang lain selain setan (Setan). Sejak itu, saya anggap setan sebagai musuh saya dan tidak mematuhi semua perintahnya. Sebaliknya, saya patuh dan mengikuti perintah-perintah Allah Ta’ala melalui cara yang benar yakni Sirat al-Mustaqiem (jalan yang lurus pedoman yang tidak ada kebengkokan)

Pelajaran 7: Rezeki yang halal.

SSB: “Hai Hatim! Kau melakukan hal yang sangat baik dan mengatakan hal yang sangat baik. Sekarang menceritakan pelajaran ketujuh. “

SHI: “Wahai guru ku! Pelajaran ketujuh adalah bahwa saya kebanyakan orang sibuk dengan mata pencaharian dan mencari rezeki dan terlibat dalam upaya yang sangat intens. Namun dalam hal ini, dia bahkan tidak membedakan antara Halal dan Haram tetapi sebaliknya, semakin lebih banyak mencari penghasilan yang diragukan dan Haram.

QS: Huud 11:6:

“Dan tidak satu pun makhluk bergerak di bumi melainkan semuaqnya dijamin Allah rezekinya, Dia mengetahui tempat kediamannya dan tempat penyimpanannya, Semua tertulis dalam Lauh Mahfuz”

Karenanya saya yakin bahwa Allah akan membawa kepada aku rezekiku karena Dia telah berjanji untuk memberikan ku dengan rezeki Nya.

Pelajaran 8: Allah tempat bergantung.

SSB:  Engkau telah melakukan hal yang sangat baik dan mengatakan hal yang sangat baik. Sekarang menceritakan manfaat kedelapan..!!!

SHI:  Wahai guruku! Pelajaran kedelapan adalah bahwa ketika aku melihat kebanyakan orang memiliki ketergantungan atau kepercayaan kepada diri seseorang atau sesuatu hal. Beberapa orang percaya  dan mengandalkan kepada mereka harta, beberapa yang lainnya  mengandalkan pada orang lain. Aku pun merenungkan  bbrp ayat berikut:

QS: (At Talaaq) 65:3: “Dan Dia memberinya rezeki dari arah yang tidak disangka-sangkanya. Dan barang siapa yang bertawakal kepada Allah, niscaya Allah akan mencukupkan keperluannya. Sesungguhnua Allah melaksanakan urusanNya. Sungguh Allah telah mengadakan ketentuan bagi setiap sesuatu”

QS: (Al Imraan) 3:173:  “Cukuplah Allah menjadi penolong kami dan Dia adalah sebaik-baiknya pelindung”

Oleh karena itu, saya hanya bergantung kepada Allah dalam segala hal.

SSB: Hai Hatim! Semoga Allah memberi engkau Taufiq Nya. Engkau telah mengatakan kepadaku hal yang sangat baik. Aku telah melihat di dalam Taurat, Injil, Zabur, dan dalam kitab suci pembeda antara benar dan salah (yaitu Al-Qur’an), bahwa semua buku Allah menyebutkan delapan ini hal/pelajaran ini. Siapa pun yang bertindak atas delapan prinsip tsb seperti seolah-olah dia telah bertindak pada semua empat kitab suci.

==*==

Rangkuman Percakapan antara Syaikh Shafiq Balk dan Hatim Ism (1/2)

Rangkuman Percakapan antara Syaikh Shafiq Balk dan Hatim Ism

Berikut saya rangkum dan coba terjemahkan sebuah percakapan antara Syaikh Shafiq Balk dan Syaikh Hatim Ism. Percakapan ini disarikan dari  buku  “My Dear Beloved Son or Daughter” oleh  Imam Abu Hamid Muhammad Al-Ghazali, Buku tersebut disarikan dari buku Imam Ghazali

Suatu hari Syaikh Shafiq Balk (SSB) berkata kepada  Syaikh Hatim Ism (SHI):

Hi Hatim, Sudah berapa lama kamu mengikuti dan belajar mengenai agama kepada saya?

Syaikh Hatim menjawab: 30 tahun..!

 

SSB : Dalam waktu yang sangat lama tersebut, sudah apa saja yang dapat kamu perlajari dari aku?

SHI: Saya mendapatkan 8 pelajaran dari engkau…..

SSB: Innalillahi wa inna ilaihi rojiuun….Saya telah menghabiskan umur saya untuk mengajar serta melatih kamu, namun kamu hanya mendapatkan 8 pelajaran dari saya?

SHI: Hi guruku, Itulah yang sebenarnya….Saya rasa saya tidak perlu hal lain selain 8 hal tersebut. Saya yakin dengan cukup 8 hal tersebut  saya akan sukses dunia akhirat.

SSB: Ok, kalau begitu coba utarakan apa saja 8 hal/pelajaran tersebut?????

 

Pelajaran 1: Cinta Dunia.

SHI: Wahai guruku, aku lihat semua orang di dunia ini mempunyai hal2 duniawi yg dicintai. Tapi yang dicintai tersebut sebagian hanya bersama mereka hingga mereka sakit dan meninggal, dan sebagian lagi hanya mengantarkan mereka ke liang lahat dan setelah itu meninggalkan mereka. Tidak ada dari hal2 yg dicintai tersebut bisa mereka bawa kedalam kubur untuk bisa menemani mereka didalam sempitm dingin serta gelapnya kubur. Aku merenungkan hal ini dan berkata kpd diri saya sendiri bahwa sesuatu yang layak kita cintai adalah sesuatu yg bisa kita bawa ke dalam kubur, menemani, menerangi didalamm kubur kita serta yang dapat menjadi partner kita di hari perhitungan serta di akhirat. Satu2nya yang dapat melakukan ini adalah hanya amal ibadah kita. Saya jadikan amal ibadahku sebagai hal yang sangat aku cintai, Insya Allah amal ibadahku selama di dunia ini akan menerangi kuburku, serta menjadi teman di akhirat nanti.

SSB: Bagus wahai Hatim, kamu sudah mengutarakan hal yang sangat bagus, sekarang sebutkan pelajaran yang kedua.!!!!

 

Pelajaran 2: Mengontrol hawa nafsu.

SHI: Pelajaran penting kedua yang aku dapat adalah bahwa kebanyakan orang mengikuti kesenangan serta keinginan hanya karena nafsu mereka. Mereka tunduk kepada nafsu mereka. Dari QS 79 (An Nazi’at):40-41:

“ Dan adapun orang-orang yang takut kepada kebesaran Allah dan menahan diri dari keinginan hawa nafsunya”. “Maka sesungguhnya syurgalah tempat tinggalnya”.

Aku percaya jika AlQuran adalah kebenaran maka aku berusaha menahan hawa nafsuku. Aku kendalikan  nafsu saya sehingga saya tidak ikut dengan keinginan hawa nafsu sampai saya menemukan kedamaian [dan kepuasan] dalam menyembah Allah SWT

SSB: Semoga Allah Ta’ala, memberikan berkat-Nya dalam perbuatan baik kamu Hatim. Sekarang menceritakan pelajaran ketiga.

Pelajaran 3: Harta adalah fana.

SHI: Manfaat atau pelajaran ketiga yang aku dapat adalah aku melihat kebanyakan orang-orang dengan susah payah, sibuk mengumpulkan harta (uang, kekayaan, barang) dari dunia fana dan sangat senang bahwa dia telah banyak barang dan harta.

Tapi ketika saya perhatikan ayat berikut:

QS: 16 (An Nahl):96

“ Apa yang ada di sisimu akan lenyap, dan apa yang ada di sisi Allah  adalah kekal. Dan Kami pasti akan memberikan balasan kepada orang yang sabar dengan pahala yang lebih baik dari apa yang telah mereka kerjakan”

 

Sehingga aku berkesimpulan bahwa semua harta yang aku kumpulkan di dunia ini akan lenyap kecuali jika aku habiskan mereka di jalan Allah. Maka aku sedekahkan semua hartaku sebagai simpanan bagiku untuk kehidupan akhirat.

SSB: “Hai Hatim! Kamu mengatakan hal yang sangat baik dan telah melakukan hal yang sangat baik. Sekarang menceritakan manfaat keempat!!!. “

 

Sumber English version:  http://www.jannah.org/morearticles/8.html

bersambung…..

 

Hibernate

I am so sorry that these months I am not too active in updating this blog or replying any responses. This is because I am so busy with everything here….It is not easy studying and having big family. I hope all my post before can help all scholarship seekers, young statisticians…… I will update this blog soon.

Tujuh Sunnah Harian

Tujuh Sunnah Harian

oleh Ustadz Arifin Ilham

Disarikan dari: http://eramuslim.com/video/tujuh-sunnah-harian.htm

1. Sholat tahhajud –> Tradisi orang2 shaleh, Mereka yang kuat Qiyamullailnya Allah cegah mereka utk berbuat maksiat.

2. Taddabur Al Quran > mengaji dan mengkaji AlQuran, lakukan di waktu setelah sholat tahajjud menunggu sholat subuh.

3. Berjamaah di Masjid

4. Sholat Dhuha — > Mendatangkan rezeki, rezeki paling besar adalah kesempatan untuk bertaubat.

5. Sedekah –> Allah menolong hamba Nya, selama hamba Nya menolong saudaranya

6. Menjaga Wudlu –> Bersih dan bersinar.

7. Selalu mengingat Allah –> Terbebas dari perbuatan maksiat.

Kegiatan mingguan:

1.Mengaji, Tarbiah

2.Bersilahturrahim ke Ulama

3.Puasa sunnah (Senin Kamis)

Buku: Rahasia Melanjutkan Studi dan Mendapatkan Beasiswa ke Jepang

penulis :

Jumiarti Agus (S3)

Willy Yanto Wijaya (S1)

Titin Fatimah (S2)

Mochamad Asri (S1)

Rina Fitriana (S2)

Juariah (S2)

Dwi N.K.Wati (S2)

Yessi Nirwana Kurniadi (S3)

Nova Ayu Maulita (Pertukaran)

Silvia Aslami (Precollege))

cakupan buku ini :

Program Undergraduate

1. Melanjutkan Sekolah ke Jepang?

Oleh: Silvia Aslami

Ketertarikanku pada Jepang

Putusan Mendadak, Sekolah ke Jepang

Pengurusan Visa

Mutasi Pasport ke Bogor

Persiapan ke Jepang

Meninggalkan Indonesia

Mendarat di Narita

Membuat KTP, dan Rekening Tabungan

Mendaftar Masuk Sekolah Bahasa Jepang

Aku Diterima di JASSO

Belajar Nihongo di Machida International Forum

Penutup

2. Berawal dari YSEP

Oleh: Willy Yanto Wijaya

(YSEP, Institut Teknologi Bandung-Tokyo Institute

of Technology , Japan , dan Monbukagakusho U to U, S2)

Apa Itu YSEP?

Fasilitas yang Diterima

Bagaimana Saya Dapat Mengikuti Program Ini?

Berita Kelulusan Seleksi Program YSEP

Mendarat di Narita

Masa Transisi di Jepang

Aktivitas Menarik Selama Mengikuti Program YSEP

Aktivitas Lain Saya Secara Pribadi

Setelah YSEP: Melamar Beasiswa Monbukagakusho

Pengalaman Saya Mendapatkan Beasiswa Monbukagakusho U to U

3. Mempertaruhkan Masa Depan di Negeri

Seribu Gempa

Oleh: Mochamad Asri (Monbukagakushosho, S1, Tokyo Institute of Technology).

Latar Belakang Keluargaku

Mencari Informasi Beasiswa

Mendaftar Beasiswa Pemerintah Singapore

Mendaftar Beasiswa Monbukagakusho

Mengikuti Tes Tertulis Monbukagakusho

Kiat Suksesku di Ujian Tertulis

Aku Lulus Ujian Tertulis

Tanggal 26 Agustus, Seleksi Wawancara

Aku Diberitakan Lulus

Persiapan Sebelum Keberangkatan ke Jepang

Memilih Universitas dan Jurusan di Jepang

4. Semoga Semua Ini Akan Ada Artinya

Oleh: Nova Ayu Maulita

(Program Pertukaran Pelajar di Tokyo University of Foreign

Studies)

Saya, HI, dan Luar Negeri

Mencari-cari Beasiswa Pertukaran

Berada di Luar Negeri Adalah Potensi

Program Master

5. Memetik “Bunga” di Negara Sakura….

Sebuah Keputusan Menuju Jalan yang Panjang

Oleh: Rina Fitriana (Asian Youth Fellowship, S2, Japan )

Berpetualang dengan Pengalaman Hidup

Masa Transisi Setelah Wisuda Sarjana

Bersakit-sakit Dahulu

Masih Ada Jalan Lain ke Negeri Sakura

Kenapa Memilih Belajar di Negeri Sakura ?

Mengapa Saya Memilih AYF?

Tahapan Seleksi

Sebelum Keberangkatan ke Jepang

Preparatory Course

Mendapatkan Profesor Pembimbing di Jepang

Ujian Masuk Perguruan Tinggi di Jepang

Gerbang Menuju Jalan Panjang pun Terbuka

6. Pengalaman Mendapatkan Beasiswa ASJA

Oleh: Juariah (ASJA, S2, Tokoshoku University, Tokyo )

Latar Belakang Saya

Tentang Beasiswa ASJA, Cara Apply dan Fasilitas

Program ASJA-Internasional

Memilih Universitas di Jepang

Kegiatan-kegitan ASJA-Internasional

Menjadi Asistan Dosen dan Perjalanan Meraih Cita

ke Jepang

7. Cita dan Cinta di Kagoshima

Oleh: Dwi Nurviyandari Kusuma Wati (JASSO dan Rotary shoolarship, S2, Japan )

Hidup Bersama “Obaachan”

Jalan Meniti “Master Course”

Lembaran Baru di Kagoshima

Keseharian di Kagoshima

Mahasiswa “Private”

Tentang Beasiswa JASSO

Tentang Beasiswa Rotary

Proses Aplikasi

Pemberitahuan Hasil Seleksi

Kegiatan Bersama Rotary Club

Perkuliahan Master

Detik Akhir di Kagoshima

8. Dari Komik ke Bidang Akademik

Oleh: Titin Fatimah

(Monbukagakusho U to U, S2 dan S3)

Awal Sebuah Impian…

Latar Belakang

Langkah Pertama: Menemukan Calon Dosen Pembimbing (Supervisor)

Pendekatan kepada Calon Dosen Pembimbing

Proses Seleksi

Tips Meraih Beasiswa Monbukagakusho U to U

Berburu Beasiswa Setelah di Jepang

Program Doktor

9. Tidak Satu Jalan untuk Studi di Negeri Sakura

Oleh: Jumiarti Agus

Akademik Masa Lalu..

Meninggalkan kota Padang , Merantau meraih Cita

Diam-diam Mencari Peluang Sekolah ke Jepang

Target “S3 ke Jepang”

Komunikasi Dengan Profesor

Persiapan ke Jepang

April 2001 Sebagai Research Student

10. Semua Mempunyai Peluang yang Sama..

Oleh: Yessi Nirwana Kurniadi (S3, Monbukagakusho U to U, Tohoku University, Japan)

Preface

Latar Belakang

Jalan Itu..

Road to Japan..

Berlari..

Ke Jepang..

Kesimpulan

Bahasan Terkait

Mengapa Belajar ke Jepang?

Ketika Memutuskan Belajar ke Jepang

Sistem Pendidikan Tinggi di Jepang

Program S1

Program S2 dan S3 (Graduate)

Persiapan dan Biaya Pendidikan di Jepang

Program S1 Jalur Beasiswa

Program S1 Jalur Biaya Pribadi

Program Graduate

Bagaimana Kiat Melamar Beasiswa?

Mengumpulkan Informasi Sebanyak-banyaknya

Membuat Keputusan

Tentukan Minat Anda

Mengeksplorasi Homepage Profesor yang Diminati

Persiapkan Semua Persyaratan

Lakukan Komunikasi dengan Profesor

Surat cerminan diri Anda

Profesor tak mudah percaya dengan ucapan, tapi ia butuh bukti

Profesor sebagai pembimbing dan guarantor Anda

Kapan sebaiknya meminta Profesor sebagai supervisor Anda?

Masa menunggu jawaban email dari Profesor

Profesor terkenal

Datang langsung menjumpai Profesor

Teknik memilih Profesor

Proses dan Teknik Pengisian Formulir Beasiswa

Proposal Penelitian

Beasiswa Sekolah di Jepang

Beasiswa yang Dapat Dilamar dari Luar Jepang

Beasiswa yang Bisa Dilamar di Jepang

Biaya Hidup di Tokyo

Biaya Hidup untuk Keluarga Kecil

Biaya Perbulan untuk Pelajar Single

Berbagai Beasiswa Monbukagakusho

Monbukagakusho Research Student

Monbukagakusho untuk Lulusan SLTA

Undergraduate (S-1)

College o f Technology (D-3)

Professional Training College (D-2)

Monbukagakusho Teacher Training (Penataran Guru)

Monbukagakusho Program Japanese Studies

Beasiswa Koseirodosho (Ministry of Health, Labour and Welfare Japan)

Berbagai Kesempatan Studi di Jepang

Pendidikan Bahasa Jepang

Besar Biaya Pendidikan Bahasa Jepang

Syarat dan Prosedur Masuk Lembaga Pendidikan

Waktu Pendaftaran

Professional Training Collage (Diploma 2)

Biaya Kuliah

Persyaratan Masuk

Pendaftaran

Ujian Masuk

Syarat Kelulusan

Collage of Technology (Politeknik)

Sertifikasi oleh National Instituion for Academic Degrees

Program Sarjana (S-1)

Rata-rata Biaya Kuliah Tahun Pertama

Persyaratan Masuk

Pendaftaran

Ujian Masuk

Syarat Kelulusan

Program Bergelar dalam Bahasa Inggris

Mahasiswa Pendengar Dan Mahasiswa Pengumpul Kredit

Program Ekstensi ke Program S-1 di Universitas

Program Studi Jangka Pendek

Program Pasca Sarjana

Biaya Kuliah

Syarat Masuk
Pendaftaran

Ujian Masuk

Buku-buku yang Pantas Anda Baca

Tanggapan Pembaca

Riwayat Penulis

Untuk mendapatkan buku ini, hubungi ACI Publishing kontak person silviaaslami@yahoo.com

Buku: Kiat Sukses Menaklukan Mahalnya Kehidupan

Assalamualaikum rekan2,

berikut ada informasi tentang sebuah buku baru yang baru terbit.
Semoga berguna
Salam
Tio

Kiat Sukses Menaklukan Mahalnya Kehidupan

Ditulis oleh :

Jumiarti Agus (Tokyo, Jepang)
Irawati Prillia (Bremerhaven, Jerman)
Cahayahati (Aachen, Jerman)
Mieke Nurmalasari (Belgia)
Hani Iskadarwati (Louisville, Kentucky,USA)
Dwi I. Lestari (Austria)
Yuli Nava (Detroit, USA)
Harwati S. Lindsten (Swedia)
Dessy Nataliani (Belanda)
Desti J. Basuki (Kanada)
Rose F. Nakamura (Jepang)

“Kiat Sukses Menaklukkan Mahalnya Kehidupan”. Buku ini berisi penuturan anak bangsa di manca negara tentang pengelolaan keuangan keluarga dan hidup hemat. Juga meliputi sistem dari suatu negara yang berkaitan dengan ekonomi keluarga dan sistem bisnis yang berlaku. Serta meliput toko toko tempat belanja murah yang mungkin diperlukan bagi Anda yang mau berpergian ke luar negeri, dalam cakupan daerah penulis.

Latar Belakang

Ide penulisan buku ini dilatarbelakangi oleh berbagai krisis yang masih menjerat Bangsa Indonesia sehingga banyak anak bangsa yang ingin hijrah keluar negeri, apakah untuk studi, mengadu nasib, dan ingin merubah ekonomi. Mereka beranggapan bahwa hidup di luar negeri itu manis, dan mudah mendapatkan uang. Banyak yang tergiur pergi ke luar negeri karena melihat orang yang kembali dari luar negeri mampu membeli “sesuatu” di tanah air. Padahal mereka tidak tahu bagaimana perjuangan anak bangsa itu selama di luar negeri.

Mereka yang tergiur untuk merubah ekonomi semata-mata, melakukan berbagai upaya untuk bisa ke luar negeri, malah kebohongan pun terkadang dilakukan untuk mendapatkan visa ke luar negeri.

Benarkah kehidupan di luar negeri selalu manis? Dan mudah mendapatkan uang?

Untuk itu kami bertujuan ingin memberikan informasi yang sebenarnya sesuai dengan kondisi dan sistem yang kami alami selama tinggal di luar negeri.

Penuturan di sini juga dimaksudkan untuk menipis pandangan sinis terhadap mereka yang berkesempatan tinggal di luar negeri. Hidup di luar negeri tidak mudah, penuh daya juang yang tinggi. Dan sesungguhnya rezeki kita masing-masing telah diaturNya.

Banyak penulis di buku ini bertutur bahwa pendapatan mereka pas-pasan, tetapi bagaimana bisa mereka menabung dan dapat membeli sesuatu di Indonesia? Anda penasaran?

Silahkan ikuti penuturan para penulis di buku ini.

Tujuan Penerbitan Buku ini:

Dengan persembahan kami ini, semoga masyarakat di tanah air juga bergiat untuk menyusun strategi untuk hidup hemat. Sudah tidak masanya lagi mempertahankan gengsi di balik tipisnya isi kantong. Bagi yang berlebih rezekinya, semoga membudayakan pula prilaku melengserkan barang kepada sesama, mengingat makin mahalnya biaya hidup di tanah air.

Informasi tentang sistem dagang dan bisnis, juga berguna bagi mereka yang bergerak di sektor bisnis. Serta info tentang sistem dan kebijakan ekonomi di luar negeri, mungkin pantas ditiru oleh pemerintah Indonesia. Sehingga kemakmuran secara menyeluruh akan dapat diarasakan oleh segenap insan Indonesia, dan bukan oleh kaum yang mapan saja. Amiin.

Keunggulan Buku ini:

Berisi sharing nyata para penulisnya yang tinggal di manca negara untuk berjuang agar survive menjalani kehidupanya di negeri rantau. Sungguh merupakan mutiara untuk dibagi secara luas kepada masyarakat di Indonbesia.

Buku ini mudah dipahami karena masing masing penulis menuangkan pengalamannya berdasarkan pengalaman sendiri selama tinggal di luar negeri.

Kelebihan lain buku ini, disamping wacana, juga ada foto-foto pendukung. Anda tidak hanya tahu informasi dari tulisan saja, tetapi juga bisa melihat foto sebagai bukti nyata.

Buku ini dapat dikonsumsi oleh semua tingkat usia, karena dikemas dengan bahasa yang mudah dimengerti, oleh seseorang yang ingin tahu bagaimana kondisi di negeri orang, atau bagi siapa saja yang ingin studi atau bekerja di luar negeri.

Bila ada saran atau komentar layangkan surat ke primoneanak@ ybb.ne.jp

Harga buku : Rp 30.000 bisa didapatkan di ACI Publishing
http://acipublishing2007.multiply.com/photos/album/7/Kiat_Sukses_Menaklukkan_Mahalnya_Kehidupan_MMK
atau memesan kepada para penulisnya.

Cover letter sample for a PhD position application

Jalanstraat 22 , Haselar, Belgium

May 1, 2007

Personnel Department

Faculty of Applied Computation

University of Kalifornia,

KotaBaru, Belgium

Dear Selection Committee Members,

I am writing in response to the advertisement as regard vacancy for Doctoral Grant for the project of on sparse tensor approximation methods for high-dimensional transport
problems at Department of Mathematics, Faculty of Applied Computation. I respectfully submit this letter of application, for I believe my experiences are well qualified to meet the needs of the project.

I graduated from Master in Computation program at Tegal Alur University in Jakarta, Indonesia at 2006. I am currently a student at Master of Science in Complex Computation programme in the same university and fully expect to complete my degree by December 2007.

I work at Institute of Computation. Five years experience as a lecturer for Institute of Computation keens my experience in the application of computation in many fields. I also conducted project supervision for my student in those research areas. I achieved teaching experience also as a visiting lecturer in some universities in Jakarta. Besides my main responsibility, I also accomplished some research independently or in a team mainly in complex computation. These practices give me skill in the application of complex computation.

My studies in Computation and Complex Computation programme in Tegal Alur University not only provide me strong background and research experience in computation but also in its application in many fields. Several projects and course provide me broad view of computation problem in various fields. I also have gained valuable experience in solving real problem

I believe with these educational values that I possess, pursuing a PhD will add more to it and expose me more to areas where Computer science knowledge are relevant and in addition, put into practice what I have learnt so far. I have enclosed the application form, my CV, certificate and transcript. I look forward to hear from you soon. Thank you very much for your consideration.

Sincerely,

Brahmana